Генетика журнал официальный сайт: Журнал «Медицинская генетика»

Содержание

Медицинская генетика

Открытый доступ 

Только для подписчиков

Том 21, № 10 (2022)

КЛИНИЧЕСКИЙ СЛУЧАЙ 

Семейный случай атаксии-телеангиэктазии

Л. И. Минайчева,
Л. П. Назаренко,
Е. Г. Равжаева,
Г. Н. Сеитова

4-8 13

Аннотация

Цель: описание семейного случая атаксии-телеангиэктазии. Методы. Проведено обследование двух братьев с атактическим синдромом неясного генеза. Молекулярно-генетическое исследование выполнено методом полногеномного секвенирования (ООО Эвоген, г. Москва). Результаты. Проведено клиническое обследование и молекулярно-генетическое тестирование пациента в возрасте 1 год 9 месяцев с симптомами атаксии и иммунодефицитным состоянием и его родного брата (6 лет 9 месяцев). Обнаружены 2 варианта нуклеотидной последовательности гена АТМ в компаунд-гетерозиготном состоянии: в экзоне 40, приводящий к преждевременной терминации синтеза белка р.Glu1978Ter (отцовского происхождения), и в экзоне 58, приводящий к преждевременной терминации синтеза белка р.Arg2849Ter (материнского происхождения). Указанные варианты описаны в компаунд-гетерозиготном и гомозиготном состоянии у пациентов с атаксией-телеангиэктазией. Заключение. Установление точного диагноза пациентам позволит своевременно определить план наблюдения, который является междисциплинарным, а также эффективно проводить профилактические и реабилитационные мероприятия. Проведено медико-генетическое консультирование семьи, уточнен прогноз для членов семьи.

Клинический случай наследственного дефицита сахаразы-изомальтазы

А. И. Побединская

9-11 9

Аннотация

Наследственный дефицит сахаразы-изомальтазы — вид наследственной дисахаридазной непереносимости. Гомозиготные формы данной патологии встречаются c частотой 0,02% в популяции. В статье описан клинический случай этого заболевания, выявленного врачами в Челябинской области. Предоставлены анамнез, клиническая картина, этапы диагностики, а также применяемое лечение.

Проведение преимплантационного исследования спиноцеребеллярной атаксии первого типа

Е. В. Соловьёва,
М. М. Склеймова,
Л. И. Минайчева,
Д. И. Жигалина,
Е. О. Чуркин,
Ю. В. Оккель

12-18 8

Аннотация

Цель: описание клинического случая проведения программы вспомогательных репродуктивных технологий (ВРТ) с преимплантационным генетическим тестированием (ПГТ) спиноцеребеллярной атаксии первого типа (СЦА1) в сочетании с преимплантационным хромосомным анализом. Методы. Планирование и проведение ПГТ выполнено для супружеской пары (30 и 31 год) из Республики Саха (Якутия) с риском СЦА1 у супруги. Нами была разработана система для ПГТ моногенного заболевания (ПГТ-М), включающая анализ патогенного варианта гена ATXN1 (NM_000332.3(ATXN1):c.589_591CAG(36_38) (p.Gln208_His209ins(Gln)n) и полиморфных STR-маркеров, сцепленных с геном ATXN1. Для подготовительного этапа использовали ДНК, выделенную из крови пациентки и супруга, сестры и отца пациентки, а также здорового неродственного донора. Исследование выполняли методом двухраундовой ПЦР с детекцией фрагментным анализом. Разработанную систему валидировали на образцах единичных клеток. Стимуляцию овуляции и эмбриологические процедуры в ходе программы ВРТ выполняли по стандартным протоколам, оплодотворение проводили методом ИКСИ. Биопсию эмбрионов выполняли на 5-е сутки развития. Полногеномную амплификацию (ПГА) ДНК из образцов трофэктодермы эмбрионов выполняли по технологии множественного замещения цепи (MDA). Полученный продукт ПГА использовали для ПГТ-М по разработанной на подготовительном этапе системе и для хромосомного микроматричного анализа анеуплоидии (ПГТ-А). Перенос размороженного эмбриона выполнен с учетом результатов ПГТ. Результаты. Разработанная система ПГТ-М включала анализ фрагмента гена ATXN1, несущего CAG-повторы и анализ 9 информативных маркеров STR, фланкирующих ген. В программе ВРТ получено 5 зрелых ооцитов. Три эмбриона, достигших стадии бластоцисты, были биопсированы; для них была выполнена ПГА и ПГТ-М. Мутантный аллель хорошо идентифицировался в двух эмбрионах. Один из эмбрионов был определен как нормальный по генотипу ATXN1 и материнскому STR-гаплотипу. Для одного нормального эмбриона было выполнено ПГТ-А, результат которого показал нормальный хромосомный статус. Эмбрион был перенесен в полость матки. Результаты ХГЧ (хорионического гонадотропина человека) подтвердили имплантацию эмбриона. Заключение. Представленный нами клинический случай демонстрирует успешное проведение программы ВРТ с ПГТ в отношении СЦА1 в сочетании с анализом ПГТ-А.

КРАТКОЕ СООБЩЕНИЕ 

Спектр минорных вариантов локуса SMN

К. А. Михальчук,
В. В. Забненкова,
О. А. Щагина,
А. В. Поляков

19-22 5

Аннотация

Проксимальная спинальная мышечная атрофия 5q (5q СМА) является одним из самых частых аутосомно-рецессивных заболеваний в мире и самой частой причиной генетически обусловленной детской смертности. По мировым данным примерно 5% больных являются компаунд-гетерозиготами по делеции в одной копии гена SMN1 и точковой мутации в другой. Однако в России проведено лишь небольшое число исследований таких случаев. Цель исследования — изучение спектра минорных вариантов в локусе SMN у больных 5q СМА. Работа выполнена на образцах ДНК 2164 больных из неродственных семей, направленных с диагнозом проксимальная спинальная мышечная атрофия 5q. Контрольную группу составили 2973 необследованных неродственных человека. Число копий генов SMN определяли методом количественной MLPA. Поиск мутаций в гене SMN1 осуществлялся методом прямого автоматического секвенирования по Сэнгеру. Результаты и выводы. Исследование числа копий генов SMN1 и SMN2 проведено у 2164 больных, диагноз 5q СМА был подтвержден у 1032. Малые (точковые) мутации в компаунд-гетерозиготном состоянии с делецией экзонов 7-8 были выявлены у 32 больных (1,5%), а среди больных с 1 копией SMN1 малые мутации выявлены у 43%. Варианты (нонсенс-мутации, миссенс-мутации, мутации, приводящие к сдвигу рамки считывания, а также мутации сайта сплайсинга) выявлены во всех экзонах гена SMN1, кроме 2a и 8. В экзоне 6 выявлены повторяющиеся мутации, две из которых c.815A>G и c.821C>T встретились по 6 и 7 раз соответственно. Обнаружена взаимосвязь клинического типа 5q СМА как с типом мутации, так и с числом копий гена SMN2. Частота носительства делеции в популяции по нашим данным составила 1/35 человек. Оценена частота носительства малых мутаций в популяции — 0,000224. Частота носительства малой мутации в популяции составила 1/4464 человек. Риск рождения ребенка с 5q СМА в семье, где родители являются здоровыми носителями — 1/156240.

Молекулярная диагностика наследственных заболеваний соединительной ткани

Д. Д. Надыршина,
А. Р. Зарипова,
А. В. Тюрин,
В. Л. Ахметова,
Р. И. Хусаинова

23-27 6

Аннотация

Наследственные нарушения соединительной ткани — это обширная группа генетически и клинически гетерогенных заболеваний, развитие которых обусловлено мутациями генов, ответственных за синтез белков внеклеточного матрикса или участвующих в морфогенезе соединительной ткани. Данная статья посвящена результатам поиска молекулярно-генетических причин редких наследственных заболеваний соединительной ткани — синдрома Элерса-Данло, несовершенного остеогенеза и остеопетроза. Диагностика этих заболеваний осложняется сходством симптомов и степенью выраженности клинических проявлений. Представленные результаты расширят представление о молекулярном патогенезе наследственных болезней соединительной ткани и позволяют оптимизировать диагностику данной группы заболеваний, тактику медико-генетического консультирования отягощенных семей и оказания им медицинской помощи.

Определение носительства «химерных» генов CYP21A1P/CYP21A2 в семьях, имеющих пробанда с неклассической формой врожденной дисфункции коры надпочечников

Н. С. Осиновская,
И. Ю. Султанов,
О. Б. Главнова,
Ю. А. Насыхова,
А. С. Глотов

28-32 6

Аннотация

Более 90% случаев врожденной дисфункции коры надпочечников (ВДКН) связаны с изменениями в гене CYP21A2, из которых около 20% приходится на различные типы «химерных» генов CYP21A1P/CYP21A2. Проблема идентификации «химерных» генов и взаимосвязи их типов с клиническими формами ВДКН актуальна до настоящего времени. Исследование посвящено анализу «химерного» гена Ch5 при неклассической форме ВДКН. В работе использовали методы ПЦР-ПДРФ анализа и секвенирования по Сэнгеру. Проанализированы образцы ДНК 3-х пробандов с неклассической формой ВДКН и их родителей. ПЦР-ПДРФ анализ с CYP21A2 генспецифичными праймерами не позволил определить химерные гены у родителей пробандов, но дал возможность предположить их наличие у самих пробандов. Комплексный анализ с использованием всех методов и псевдоген- и генспецифичных праймеров показал наличие у каждого из трех пробандов химерного гена Ch5 в компаунд-гетерозиготном состоянии: в первом случае — с вариантом I173N, во втором — с i2 splice и в 3-м с — 30кб делецией гена CYP21A2. Для молекулярно-генетического анализа в семьях с дефицитом 21-гидроксилазы необходимо применение как анализа точковых мажорных мутаций, так и методов, выявляющих делеционно-дупликационные события в гене CYP21A2. Наличие химерного гена Ch5 с точкой разрыва между позициями chr6:38038514 и chr6:32038938 (GRCh48) в компаунде с другими патогенными вариантами приводит к неклассической форме ВДКН.

Влияние однонуклеотидных полиморфизмов гена IL-17F на выживаемость пациентов с муковисцидозом

Д. А. Пухальская,
В. В. Шмарин,
С. Ю. Семыкин,
С. А. Красовский,
Т. М. Букина,
Г. В. Шмарина

33-37 9

Аннотация

Цель работы состояла в исследовании влияния аллельных полиморфизмов гена IL-17F rs2397084 (Glu126Gly) и rs763780 (His161Arg) на выживаемость пациентов с муковисцидозом. В исследовании принимали участие 82 пациента. Все участники исследования находились на активном диспансерном наблюдении, регулярно (каждые 3-6 месяцев) обследовались и получали антибактериальную терапию. Частоты аллелей A и G полиморфизма rs2397084 в группе обследованных пациентов составили 90,2 % и 9,8 % соответственно. Частоты аллелей A и G полиморфизма rs763780 были равны 92,1 % и 7,9 %. В зависимости от генотипа пациенты были разделены на 2 группы. Группа 1 состояла из пациентов с распространенным генотипом AA-AA (rs2397084-rs763780; n=55). Группа 2 включала носителей одного или нескольких аллелей G (n=27). Анализ демографических данных показал, что группы пациентов не различались по возрасту, полу, а также по количеству носителей мутации F508del. За период с 2015 по 2020 гг. в группе 1 умерли 14 пациентов, в группе 2 все пациенты остались живы. Таким образом, выживаемость в группах 1 и 2 составила, соответственно, 74,5 и 100 % (p=0,0035, точный критерий Фишера). Анализ кривых Каплана-Майера показал, что общая выживаемость пациентов первой группы была статистически значимо ниже, чем соответствующий параметр в группе 2 (р=0,0026, Log-Rank Test). Анализ состава микробиома дыхательных путей выявил в группе 1 существенное преобладание пациентов с хронической колонизацией Burkholderia cepacia complex: 22 vs 1 пациент в группе 2 (χ2 = 11,82, p = 0,0006; OR 17,33 [95% CI 2,19-137,21]). Таким образом, повышенная смертность больных муковисцидозом с распространенным генотипом AA-AA связана с высокой частотой развития хронической инфекции Burkholderia cepacia complex. Для получения достоверных данных о рисках заражения Burkholderia cepacia complex и неблагоприятном исходе заболевания необходимо увеличить количество обследованных пациентов.

Клиническая значимость молекулярно-генетических подходов на основе технологий NGS в выборке пациентов с первичной цилиарной дискинезией

Г. М. Раджабова,
А. В. Смирнова,
А. А. Князева,
А. А. Новак,
Ю. Л. Мизерницкий,
Н. В. Щербакова,
Д. С. Цибульская,
И. С. Поволоцкая

38-42 13

Аннотация

Первичная цилиарная дискинезия (ПЦД) представляет собой редкое и малоизученное заболевание, фенотип которого пересекается с другими распространенными заболеваниями респираторного тракта, создавая сложности для диагностики. Существующие на данный момент подходы к диагностике и верификации ПЦД требуют подтверждения с использованием геномного анализа, в связи с чем молекулярно-генетические методы, основанные на применении технологий NGS, приобретают решающее значение. В нашей лаборатории был проведен биоинформатический анализ данных полного экзомного секвенирования 19 пробандов из неродственных семей в возрасте до 17 лет с клинически установленным диагнозом ПЦД. В результате у 14 (74%) из 19 пробандов были выявлены варианты в генах, ответственных за формирование фенотипа ПЦД. Обнаруженные генетические варианты были классифицированы в соответствии с рекомендациями ACMG. Таким образом, использование комплексных подходов, включающих клинико-генетические и молекулярно-генетические методы анализа, позволяет повысить диагностическую эффективность в отношении ПЦД.

Результаты поиска редких мутаций при анализе всей последовательности гена PAH

Н. В. Ряднинская,
И. А. Кузнецова,
О. П. Рыжкова,
А. В. Поляков

43-45 5

Аннотация

Фенилкетонурия (ФКУ) — распространённое аутосомно-рецессивное наследственное нарушение работы фенилаланингидроксилазы, обусловленное патогеннными мутациями в гене PAH. После проведения рутинных методов генетического анализа остаётся примерно 2% пациентов с ФКУ, у которых не подтверждён диагноз. В данном исследовании был проведён поиск нуклеотидных замен в некодирующих и регуляторных областях гена PAH методом массового параллельного секвенирования. Был обнаружен вариант c.706+521G>C глубоко в интроне 6, который по программам предсказания влияет на сплайсинг гена PAH. Таким образом, данное исследование дополняет текущие данные о генотипах при ФКУ и показывает, что варианты, расположенные глубоко в интронах, могут являться причиной заболевания.

Полноэкзомное секвенирование в комплексной диагностике генетически обусловленных форм мужского бесплодия, связанных с тяжелыми формами патозооспермии

О. А. Соловова,
Н. В. Опарина,
О. П. Рыжкова,
Т. М. Сорокина,
В. Б. Черных

46-50 5

Аннотация

У большинства пациентов с мужским бесплодием его причина остается неустановленной. В этиологию азооспермии и олигозооспермии вовлечены многочисленные хромосомные аномалии и патогенные варианты в генах, контролирующих сперматогенез и мужскую фертильность. Данное исследование направлено на повышение эффективности выявления генетических причин мужского бесплодия. Для этого сформирована и обследована выборка из 200 пациентов с азооспермией или тяжелой олигозооспермией неясного генеза. Выполнено комплексное клинико-генетическое обследование с использованием как общепринятых методов (клинико-генетическое, стандартное цитогенетическое исследование, анализ микроделеций хромосомы Y в локусе AZF и вариантов в гене CFTR), так и геномных методов — массового параллельного секвенирования (MPS). С использованием «стандартных» методов диагностики генетические причины бесплодия обнаружены у 92 (46%) пациентов. При полноэкзомном секвенировании (WES) у 18 (42,9%) из 42 пациентов, у которых по данным «стандартного» исследования не обнаружены генетические факторы бесплодия, выявлены варианты в 29 генах, вовлеченных в контроль репродуктивной функции, из них у 7 (16,6%) пациентов варианты в 8 генах предположительно являются каузативными и требуют дальнейших функциональных или сегрегационных исследований. Использование комплексного генетического обследования, включающего геномные методы, позволяет повысить эффективность диагностики генетически обусловленных форм бесплодия.

Селективный скрининг больных наследственными дегенерациями сетчатки для выявления целевой группы для генотерапии воретигеном непарвовеком

А. А. Степанова,
В. В. Кадышев,
О. А. Щагина,
А. В. Поляков

51-55 5

Аннотация

RPE65-ассоциированные ретинопатии привлекли огромное внимание благодаря успешной генной терапии. Текущее исследование направлено на оценку частоты RPE65-зависимых форм наследственной дегенерации сетчатки в РФ, а также характеристику изменений в гене RPE65 у российских больных. Из 189 неродственных больных с диагнозами при обращении пигментная дегенерация сетчатки или врожденный амавроз Лебера выявлено 11 больных наследственными дегенерациями сетчатки (НДС) с биалелльными патогенными вариантами в гене RPE65, что составило 5,8% в исследуемой выборке. Наиболее частая мутация — c.370C>T (p.Arg124*) встретилась на пяти хромосомах. Выявлено два ранее не описанных варианта c.1024T>C (p.Tyr342His), c.1340T>C (p.Leu447Pro), классифицированных как вероятно патогенные. Существенный вклад RPE65-зависимых форм НДС в РФ и возможность генной терапии этих больных, а также отсутствие мажорных мутаций и горячих экзонов в гене RPE65 доказывают необходимость молекулярно-генетической диагностики больных различными формами НДС методом массового параллельного секвенирования.

Новая мутация p.Glu48Gly в гене GJA8 в компаунд-гетерозиготном состоянии у пациента со спорадической врожденной зонулярной катарактой

И. М. Хидиятова,
И. И. Хидиятова,
М. Т. Азнабаев,
А. С. Карунас,
Э. К. Хуснутдинова

56-59 4

Аннотация

Значительная клиническая и генетическая гетерогенность наследственных катаракт существенно затрудняет их раннюю ДНК-диагностику и определяет актуальность изучения эпидемиологии заболевания, популяционных особенностей спектра и частот мутаций в ответственных генах, клинико-генетических корреляций. Мутации в гене коннексина 50 (GJA8) относятся к частым причинам наследственных, преимущественно аутосомно-доминантных, врожденных катаракт. У пациента с врожденной двусторонней зонулярной катарактой в гене GJA8 идентифицированы две нуклеотидные замены в компаунд-гетерозиготном состоянии — ранее не описанный миссенс-вариант с. 143A>G (p.Glu48Gly) и известный нуклеотидный вариант с.741Т>G (p.Ile24Met). На основании клинико-генеалогического и молекулярно-генетического анализа установлен спорадический характер заболевания в семье. Впервые выявленный вариант p.Glu48Gly, предположительно, является патогенной мутацией, проявляющей рецессивный характер.

Врожденная мерозин-дефицитная мышечная дистрофия: от диагностики к перспективам лечения

П. А. Чаусова,
Т. Б. Миловидова,
М. В. Булах,
А. Л. Чухрова,
О. Л. Шатохина,
О. П. Рыжкова,
О. А. Щагина,
А. В. Поляков

60-64 7

Аннотация

Врожденная мерозин-дефицитная мышечная дистрофия (MDCA1) — аутосомно-рецессивная форма мышечной дистрофии, которая характеризуется мышечной слабостью, проявляющейся при рождении или в первые 6 месяцев жизни. Причиной возникновения данного заболевания является дефицит или полное отсутствие белка мерозина, кодируемого геном LAMA2. На сегодняшний день нет патогенетической терапии данного заболевания, но в мире активно ведутся разработки различных подходов для лечения MDCA1, и вполне возможно, что в скором будущем будет доступна его терапия. Поэтому важно знать спектр патогенных вариантов, которые характерны для российской популяции, разработать наиболее подходящие молекулярно-генетические методы для выявления данного заболевания и дифференциальной диагностики с другими нервно-мышечными заболеваниями.

Представленность явления «выпадения» аллеля в результатах секвенирования

А. Г. Шестак,
А. А. Букаева,
С. . Сабер,
В. А. Румянцева,
Е. В. Заклязьминская

65-68 7

Аннотация

Все ПЦР-опосредованные методы секвенирования имеют риск возникновения явления «выпадения» аллеля (allelic dropout, ADO), которое приводит к селективной амплификации аллелей в ходе ПЦР и может снижать диагностическую эффективность генетического тестирования. Для выявления случаев ADO нами было проведено сравнение файлов ВАМ, VCF с хроматограммами прямого секвенирования по Сэнгеру. Для выявления причин ADO анализировали сайты связывания праймеров с использованием базы данных gnomAD. Ампликоны со случаями потенциального ADO были ресеквенированы с альтернативной пары праймеров. Были выявлены 8 случаев ADO как в результатах NGS (таргетные панели генов), так и прямого секвенирования по Сэнгеру. Факт избирательной амплификации аллелей был подтвержден во всех представленных случаях при ресеквенировании с альтернативной пары праймеров. Большинство случаев ADO (6 случаев, 75%) были вызваны частыми или редкими однонуклеотидными генетическими вариантами в местах отжига олигопраймеров, в двух случаях (25%) ADO было предположительно опосредовано присутствием инделов длиной 6 и более нуклеотидов в исследуемых ампликонах. Кроме того, в ряде ампликонов мы обнаружили «недопредставленность» SNVs на ридах NGS либо наличие интересующего SNV только в ридах одного ампликона из двух. Учитывая случаи доказанного и потенциального ADO, мы полагаем, что дизайн олигопраймеров без учета ADO может влиять на эффективность амплификации до 0,85% ампликонов.

Гено-фенотипический анализ у больных с множественной экзостозной хондродисплазией в якутской популяции

А. Е. Яковлева,
А. Л. Данилова,
А. И. Федоров,
Д. А. Петухова,
И. А. Николаева,
А. Л. Сухомясова,
Н. Р. Максимова

69-74 6

Аннотация

Введение. Множественная экзостозная хондродисплазия (МЭХД) или множественные остеохондромы (МО) (ОМIM 133700, OMIM 133701) — это генетически гетерогенное заболевание, проявляющееся генерализованными формами поражения скелета с многочисленными прогрессирующими деформациями костей и суставов. Заболевание имеет аутосомно- доминантный тип наследования, очень велика доля семейных случаев. В статье проведен анализ гено-фенотипических ассоциаций в группе больных с МЭХД. Цель: составление прогноза развития клинических форм МЭХД для повышения качества жизни больных. Методы. В исследование включены результаты клинического обследования 85 больных с МЭХД из 41 семьи, из них 57 больных с результатами молекулярно-генетических исследований. Проведен анализ ассоциации локализации экзостозов с клиническими формами МЭХД методом логистической регрессии с вычислением отношения шансов. Построены прогностические математические модели. Проанализированы таблицы сопряжённости признаков с вычислением точного критерия Фишера. Статистический анализ проведен в пакете прикладных программ IBM SPSS Statistics 23.0. Результаты. По результатам статистического анализа было установлено, что клинические проявления (локализации экзостозов) при МЭХД в основном зависели от конкретной мутации, а не от гена (EXT1 или EXT2). Также показано, что отдельные сочетания локализации экзостозов влияют на развитие клинических форм заболевания. Заключение. Наличие устойчивых гено-фенотипических ассоциаций даёт возможность прогнозирования дальнейшего клинического течения МЭХД у якутских больных с момента молекулярно-генетической диагностики.

ISSN 2073-7998 (Print)

Генетика

Учредитель

Российская академия наук

Издатель

Российская академия наук

Научно-методическое руководство журнала

Отделение биологических наук

Главный редактор

Янковский Николай Казимирович

ISSN Print

0016-6758

Число выпусков в год

12

Индексация в основных библиографических базах данныx

РИНЦ , RSCI , Ядро РИНЦ , Перечень ВАК , eLIBRARY. RU

Общий академический рейтинг RSCI

0,420 (183 из 777)

Тематический академический рейтинг RSCI

1,568 (8 из 77)

Двухлетний импакт-фактор по ядру РИНЦ

Число цитирований в текущем году статей, опубликованных в журнале за предыдущие два года, поделенное на число этих статей. Учитываются ссылки из журналов, входящих в ядро РИНЦ, а также цитирование переводной версии

0,979

Пятилетний импакт-фактор по ядру РИНЦ

Число цитирований в текущем году статей, опубликованных в журнале за предыдущие два года, поделенное на число этих статей. Учитываются ссылки из журналов, входящих в ядро РИНЦ, а также цитирование переводной версии

0,892

Сайт журнала

http://vigg.ru/genetika/

Профиль журнала в РИНЦ

https://www.elibrary.ru/title_profile.asp?id=7761

Переводная версия журнала

Russian Journal of Genetics

Журнал Генетика был основан в апреле 1965 года, вскоре после окончания эры «лысенковщины», когда генетика считалась реакционной псевдонаукой. Журнал внес значительный вклад в возрождение генетики в Советском Союзе.

В журнале Генетика публикуются как обзоры, так и экспериментальные статьи в области теоретической и прикладной генетики, отражающие фундаментальные исследования генетических процессов на молекулярном, клеточном, организменном и популяционном уровнях. Особое внимание уделяется наиболее актуальным проблемам современной генетики, касающимся глобальных вопросов общемирового значения, таких как сохранение и рациональное использование генетических ресурсов и оценка, прогнозирование и предупреждение негативных генетических последствий загрязнения окружающей среды.
Журнал включен в библиографические базы данных:
AGRICOLA, Academic OneFile, BIOSIS, Biological Abstracts, Biotechnology Citation Index, CAB International, CSA, Chemical Abstracts Service (CAS), EBSCO, EMBASE, EMBiology, Experta Medica, Gale, Global Health, Google Scholar, Index Medicus, International Abstracts of Biological Sciences, INIS Atomindex, Journal Citation Reports/Science Edition, OCLC, SCImago, SCOPUS, Science Citation Index Expanded (SCISearch), Summon by Serial Solutions, WEB of Science, Word Translations Index, and Plant Abstarcts, Zoological Record, Russian Science Citation Index (РИНЦ)

Том 54, выпуск 11, ноябрь 2022 г.

Основные результаты исследований

  • Генетика здоровых лет жизни

    • 04 ноя 2022

    • TP53 -зависимая нестабильность генома

      • Сафия Данови

      Изюминка исследований

    • Улучшенная нормализация секвенирования РНК

      • 04 ноя 2022

      • Соматическая рекомбинация повторяющихся элементов

        • Тьяго Фаял

        Изюминка исследований

      К началу страницы ⤴

      Новости и обзоры

      • Определение кислорода хроматина за счет гидроксилирования пролила гистона h4

        Новое исследование идентифицирует пролилгидроксилирование гистона h4 как сигнал для рекрутирования KDM5A, изменяя h4K4me3 и экспрессию гена. h4P16oh не зависит от пути HIF, чувствительного к гипоксии, и обеспечивает дополнительный уровень сложности модификаций чувствительного к кислороду хроматина.

        • Джеймс А. Натан

        Новости и просмотры

      • Редкие и распространенные варианты риска аутизма сходятся в 16p

        Генетические факторы риска аутизма включают как редкие, так и распространенные варианты. Исследование показывает, что редкие варианты числа копий и распространенные варианты в 16p, которые способствуют риску аутизма, функционально конвергируют, чтобы подавлять экспрессию большой группы экспрессируемых нейронами генов в субтеломерной области 16p.

        • Хеджон Вон
        • Гийом Юге
        • Себастьен Жакмон

        Новости и просмотры

      К началу страницы ⤴

      Исследовательские брифинги

      • Адаптивная изменчивость диких родственников современной кукурузы может быть использована в селекции.

        Мы представляем карту геномных вариаций с высоким разрешением, которая значительно расширяет информацию о последовательности кукурузы и ее диких родственников в роде Zea . Популяционная генетика Zea spp. обеспечивают обширный набор адаптивных аллелей, отсутствующих у кукурузы, с потенциалом для ускорения будущей селекции за счет повторного введения генетического разнообразия.

        Исследовательский брифинг

      • Профилирование онкогенной внехромосомной ДНК при раке

        Раковые клетки часто амплифицируют онкогены на молекулах ДНК вне хромосом — внехромосомной ДНК. Метод, адаптированный для выделения внехромосомной ДНК, называемый CRISPR-CATCH, позволяет анализировать ее генетический и эпигенетический состав, что дает представление о ее происхождении, структурном разнообразии и механизме активации онкогена при раке.

        Исследовательский брифинг

      • Органоиды почек взрослого человека: клеточное происхождение и моделирование заболеваний

        Органоиды или тубулоиды почек взрослого человека происходят из эпителиального CD24 + субпопуляции в проксимальном отделе нефрона и могут быть использованы для моделирования прогрессирующего заболевания наиболее распространенного наследственного заболевания почек: аутосомно-доминантного поликистозного заболевания почек.

        Исследовательский брифинг

      • Расшифровка программ транскрипции одиночных клеток у разных видов

        Способность предсказывать ландшафты экспрессии генов с разрешением одной клетки долгое время была проблемой в области геномики. Мы нанесли на карту одноклеточные транскриптомные ландшафты всего тела рыбок данио, Drosophila и дождевых червей, используя Microwell-seq. Мы предлагаем первую модель, основанную на последовательностях, Nvwa, которая может прогнозировать экспрессию генов с разрешением одной клетки непосредственно из геномных последовательностей.

        Исследовательский брифинг

      • Нарушение молчания генов, специфичных для β-клеток, вызывает врожденный гиперинсулинизм.

        Секвенирование генома и анализ общедоступных эпигеномных данных позволили идентифицировать болезнетворные варианты в некодирующей регуляторной области гексокиназы 1 ( HK1 ) у лиц с врожденным гиперинсулинизмом. Эти варианты вызывали неадекватную экспрессию HK1 в β-клетках поджелудочной железы, что приводило к повышенной секреции инсулина и гипогликемии.

        Исследовательский брифинг

      Верх страницы ⤴

      Перспективы

      • Рассмотрение преимуществ ингибирования APOBEC3-зависимого мутагенеза при раке

        В этой перспективе рассматриваются следующие шаги по изучению прогнозов о том, что ингибирование мутагенеза, опосредованного APOBEC3, может ограничивать гетерогенность опухоли, метастазирование и лекарственную устойчивость при широком диапазоне типов рака, подчеркивая пробелы в нашем понимании биологии APOBEC3 при раке и в здоровых тканях и стратегии их решения.

        • Миа Петляк
        • Эбби М. Грин
        • Мэтью Д. Вайцман

        Перспектива

      Начало страницы ⤴

      Буквы

      • Суммарный полигенный балл 21,29.3 редких и 22 распространенных варианта улучшают диагностику диабета на основе уровня гемоглобина A1C

        В этом исследовании представлен метод построения полигенных показателей сложных признаков из редких вариантов и показано, что полигенный показатель, сочетающий распространенные и редкие варианты, повышает точность диагностики диабета 2 типа на основе уровней гемоглобина A1C.

        • Питер Дорнбос
        • Райан Кестерер
        • Джейсон Фланник

        Письмо

      • Некодирующие варианты, нарушающие тканеспецифический регуляторный элемент в

        HK1 , вызывают врожденный гиперинсулинизм.

        Варианты De novo, изменяющие консервативную область в интроне HK1 вызывают врожденный гиперинсулинизм, нарушая активность предполагаемого регуляторного элемента, специфичного для определенного типа клеток.

        • Мэтью Н. Уэйклинг
        • Ник Д. Л. Оуэнс
        • Сара Э. Фланаган

        Письмо

      Начало страницы ⤴

      Артикул

      • Открытие 42 значимых для всего генома локусов, связанных с дислексией

        Полногеномный анализ дислексии, о которой сообщают сами пациенты, идентифицирует 42 ассоциированных локуса, в том числе 27 ранее не связанных с когнитивными особенностями. Дислексия демонстрирует генетическую корреляцию с амбидекстрией, но не нейроанатомическими показателями связанных с языком схем.

        • Катрин Дуст
        • Пьер Фонтанильяс
        • Мишель Лучано

        Артикул

        Открытый доступ

      • Статистическая и функциональная конвергенция общих и редких генетических влияний на аутизм на хромосоме 16p

        Распространенная полигенная вариация на хромосоме 16p и редкие повторяющиеся делеции 16p11. 2, влияющие на риск аутизма, связаны со сниженной экспрессией генов во всей области 16p, что предполагает функциональную конвергенцию эффектов редких и распространенных вариантов.

        • Дэниел Дж. Вайнер
        • Эми Линг
        • Элиз Б. Робинсон

        Обзор природы:

        • Детское здоровье

        Артикул

        Открытый доступ

      • Анализ ассоциации генома нескольких предков выявляет новые генетические механизмы ревматоидного артрита

        Анализ ассоциации всего генома нескольких предков выявил 124 локуса риска ревматоидного артрита, из которых 34 являются новыми. Оценка полигенного риска, основанная на данных нескольких предков, показала сопоставимую эффективность между популяциями европейского и восточноазиатского происхождения.

        • Казуёси Исигаки
        • Саори Сакауэ
        • Сумья Райчаудхури

        Артикул

      • Мультиомное исследование неалкогольной жировой болезни печени

        Полногеномный анализ идентифицирует локусы, связанные с неалкогольной жировой болезнью печени, включая редкие, защитные варианты потери функции в MTARC1 и GPAM . Протеомный анализ плазмы дает представление о белках, участвующих в патогенезе заболевания.

        • Гардар Свейнбьернссон
        • Магнус О. Ульфарссон
        • Кари Стефанссон

        Артикул

        Открытый доступ

      • Молекулярная карта хронического лимфоцитарного лейкоза и ее влияние на исход

        Геномный, транскриптомный и эпигеномный анализ хронического лимфоцитарного лейкоза позволяет выявить генетические факторы и молекулярные подтипы, связанные с клиническими исходами.

        • Биньямин А. Книсбахер
        • Цзяо Линь
        • Гад Гетц

        Артикул

      • Полногеномное секвенирование хронического лимфоцитарного лейкоза позволяет выявить подгруппы с различными биологическими и клиническими особенностями.

        Полногеномное секвенирование хронического лимфоцитарного лейкоза у 485 пациентов позволяет выявить предполагаемые кодирующие и некодирующие факторы заболевания. Геномно определенные подгруппы демонстрируют различные клинические и биологические характеристики.

        • Полин Роббе
        • Кейт Э. Ридаут
        • Анна Шух

        Артикул

        Открытый доступ

      • Органоиды почек взрослого человека происходят из клеток CD24

        + и представляют собой передовую модель поликистозной болезни почек у взрослых.

        Органоиды почек взрослых, или тубулоиды, происходят из эпителиальных клеток CD24 + . Тубулоиды представляют собой функциональные почечные канальцы и могут использоваться для моделирования аутосомно-доминантного поликистоза почек и изучения реакции на лекарственные препараты.

        • Яосянь Сюй
        • Кристоф Куппе
        • Рафаэль Краманн

        Артикул

      • Последовательность ДНК и модификаторы хроматина взаимодействуют, придавая эпигенетическую бистабильность импринтинговым контрольным областям.


        Области контроля эктопического импринтинга (ICR) повторяют состояния хроматина эндогенных локусов импринтинга в эмбриональных стволовых клетках мыши. ATF7IP и ZMYM2 регулируют эпигенетическую память в ICR.

        • Стефан Бутц
        • Нина Шмолка
        • Тунджай Баубек

        Артикул

        Открытый доступ

      • Глубокое изучение межвидовых одноклеточных ландшафтов выявляет консервативные регуляторные программы, лежащие в основе типов клеток.


        Microwell-seq используется для создания одноклеточных экспрессионных ландшафтов всего тела рыбок данио, Drosophila и дождевых червей. Модель глубокого обучения, Nvwa, предсказывает экспрессию генов по последовательности ДНК и идентифицирует регуляторные программы, общие для восьми видов.

        • Цзяци Ли
        • Цзинцзин Ван
        • Гоцзи Го

        Артикул

      • Гидроксилирование пролина 16 гистона h4 регулирует экспрессию генов млекопитающих

        EGLN2 гидроксилирует гистон h4 по пролину 16, усиливая связывание KDM5A с h4K4me3. Полногеномный и транскриптомный анализы показывают, что ось EGLN2-KDM5A регулирует экспрессию генов-мишеней в клетках млекопитающих.

        • Xijuan Liu
        • Jun Wang
        • Qing Zhang

        Артикул

      • Секвенирование генома выявило признаки адаптивной изменчивости рода

        Zea .

        Карта геномной изменчивости с высокой плотностью из 744 геномов, охватывающих кукурузу и все дикие таксоны рода Zea , демонстрирует признаки адаптивной изменчивости и предоставляет ресурс генетического разнообразия для всего рода в Zea .

        • Лу Чен
        • Цзинюнь Луо
        • Цзяньбин Ян

        Артикул

      Начало страницы ⤴

      Технические отчеты

      • Целевое профилирование внехромосомной ДНК человека с помощью CRISPR-CATCH

        CRISPR-CATCH используется для выделения молекул внехромосомной ДНК (вкДНК), содержащих онкогены, из раковых клеток человека. CRISPR-CATCH с последующим секвенированием в нанопорах позволяет определить профили метилирования, выявляя отличия от нативных хромосомных локусов.

        • Кинг Л. Хунг
        • Йенс Любек
        • Говард Ю. Чанг

        Технический отчет

        Открытый доступ

      Начало страницы ⤴

      Поправки и исправления

      • Исправление издателя: SAIGE-GENE+ повышает эффективность и точность тестов ассоциации редких вариантов на основе наборов.


        • Вэй Чжоу
        • Вэньцзянь Би
        • Сынгын Ли

        Исправление издателя

        Открытый доступ

      Начало страницы ⤴
      Руководство по отправке

      | Nature Genetics

      При подаче рукописи ознакомьтесь со следующими рекомендациями, которые помогут вам в процессе подачи и публикации.

      1 – Что нужно знать перед отправкой

       

      • Убедитесь, что Nature Genetics является наиболее подходящим журналом для вашей работы – Цели и объем 

      • Убедитесь, что Nature Genetics принимает тип контента, над которым вы работаете – Типы контента 

      • Прочтите и поймите наши правила – Редакционные правила 

      • Ознакомьтесь с нашими моделями публикации и затратами — Варианты публикации 

      • Принимает ли Nature Genetics предварительные запросы? – Предварительные запросы

      • Наша политика в отношении препринтов — политика в отношении препринтов и обзор

      ____________________________________________________________________________________________________________

      2 – Подготовка материала к первоначальной подаче

       

      • Убедитесь, что подача завершена – Подготовка материала

      • Понимание первоначальных требований к форматированию – форматирование для первоначальной отправки

      • Убедитесь, что ваша рукопись точна и удобочитаема — язык

      • Вы хотите участвовать в двойном слепом экспертном обзоре? – Требования к двойной слепой экспертной оценке

      ТЕПЕРЬ ВЫ ГОТОВЫ ОТПРАВИТЬ РУКОПИСИ
      Нажмите «Отправить рукопись», и вы попадете в нашу онлайн-систему подачи, где вы сможете загрузить необходимые файлы и проверить статус своей рукописи после подачи. Вам нужно будет войти в систему; если у вас нет учетной записи, вы сможете зарегистрировать ее при отправке.

      Отправить рукопись

      ____________________________________________________________________________________________________________

      3 – Редакционный процесс, экспертная оценка, апелляции и передача

       

      После того как вы отправили свою рукопись, она проходит через наш процесс редактирования.

      Если ваша рукопись отправлена ​​на рецензирование, вы получите электронное письмо с просьбой прочитать и подписать наши Редакционные правила.

      Чтобы подать апелляцию на решение или передать вашу статью в другой журнал — Апелляции и переводы.

      ____________________________________________________________________________________________________________

      4 – Принятие в принципе и форматирование

       

      Если ваша статья принята к публикации (известная как Принятие в принципе), вам необходимо следовать правилам форматирования.