Общий предок: Последний общий предок всех живых организмов оказался лишь «наполовину живым» |

Содержание

Последний общий предок всех живых организмов оказался лишь «наполовину живым»

26.07.16

5.4

Наука

Роман Фишман

Биологи исследовали ДНК бактерий и архей, выделив из ныне существующих генных семейств наиболее древние — вероятно, унаследованные еще от последнего общего предка всех живых организмов. Это позволило показать, что его метаболизм полностью зависел от подводных гидротермальных источников, близ которых обитал протоорганизм. Об этом рассказывает статья, опубликованная журналом Nature Microbiology.
Последний общий предок всех живых организмов – LUCA (Last Common Universal Ancestor) – мог существовать более 3,8 млрд лет назад, дав начало двум базовым доменам живого, археям и бактериям, из которых впоследствии произошли и ядерные клетки эукариот. Особенности жизни и метаболизма LUCA остаются одним из самых интригующих вопросов современной биологии. Чтобы ответить на него, ученые ищут наиболее универсальные, важные и древние гены, которые современные организмы могли получить еще от «первопредка».
Такие работы указали на 30-100 белковых семейств, необходимых для работы рибосом и ферменты трансляции ДНК. Однако, как указывают Уильям Мартин (William Martin) и его коллеги по Дюссельдорфскому университету имени Генриха Гейне, эти результаты опираются на поиски генов, общих хотя бы у одной группы современных бактерий и одной – архей. Из-за широкой распространенности горизонтального переноса генов между теми и другими организмами эти данные страдают неточностью. Поэтому Мартин с соавторами провели поиск генов, встречающихся как минимум у двух крупных групп бактерий, и двух – архей.
Ученые проанализировали более 6,1 млн кодирующих белки генов из ДНК 1847 современных видов бактерий и 134 архей, объединив их в 258,5 тыс. семейств. Около 11 тыс. из них обнаруживаются у представителей обоих доменов жизни, однако лишь 355 демонстрируют структурную гомологию и имеются более чем у двух видов бактерий и архей, что делает их весьма вероятными кандидатами на древнейшее – еще до расхождения этих доменов – происхождение. Ученые отмечают, что функции львиной доли этих потенциальных генов LUCA (294, или 83% от общего числа) уже известны. Это позволяет в общих чертах описать физиологию и экологию первых протоорганизмов.
Авторы пишут, что функции, структуры и простетические группы этих белков указывают на LUCA как на строго анаэробный (живущий в отсутствии кислорода) хемолитоавтотрофный (получающий органические вещества из неорганических), термофильный (предпочитающий сравнительно высокую температуру среды) организм. Он мог восстанавливать диоксид углерода с помощью водорода при посредничестве ацетил-кофермента А, используя биохимический путь Вуда – Льюнгдаля, как некоторые метаногенные и ацетогенные археи сегодня. Помимо ацетил-кофермента А, белки LUCA полагались на работу и других кофакторов, включая флавины, ферредоксины, переходные металлы и селен.
По-видимому, у LUCA отсутствовали белки, необходимые для создания трансмембранного градиента протонов. Зато в числе обнаруженных Мартином и его соавторами генов оказался ген, кодирующий домены АТФ-синтазы, фермента, который использует этот градиент при синтезе АТФ, основного носителя энергии в клетке. Ученые предполагают, что LUCA мог использовать для этой цели естественный градиент водорода, присутствовавший в геологически активной внешней среде вокруг него. Интересно также и полное отсутствие у LUCA генов для синтеза аминокислот: возможно, их предок также получал извне, где кипели активные химические реакции. По словам Мартина, LUCA был «лишь наполовину живым», глубоко завися от абиотических процессов, протекавших снаружи.
Такое жизнеописание LUCA можно считать еще одним свидетельством в пользу идеи о том, что настоящей «колыбелью жизни» на Земле были гидротермальные источники на дне древних океанов. Их горячая, богатая водородом, насыщенная солями и минералами вода способна поддерживать весьма сложные абиотические химические процессы, обеспечивая протоорганизмы необходимыми веществами, в том числе и органическими. Такие «черные курильщики» и сегодня остаются настоящими оазисами жизни на пустынной многокилометровой глубине, питая весьма необычные и густонаселенные экосистемы. Поэтому вряд ли удивительна уверенность многих ученых в том, что именно здесь обитал LUCA.
Анализируя возможный геном LUCA, Уильям Мартин и его коллеги указывают и на современные организмы, во многом сохранившие его древнейший образ жизни и метаболизм: анаэробные бактерии клостридии и археи-метаногены.

Роман Фишман

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl+Enter.

13:26

1.8

Математика

Наука

Умерла единственная женщина — лауреат Филдсовской премии

Василий Сычев

Иранский математик Мариам Мирзахани, в 2014 году ставшая первой в истории женщиной — лауреатом Филдсовской премии, умерла 15 июля 2017 года. Как сообщает Tehran Times, причиной смерти стал рак груди, метастазы которого у ученой несколько недель назад обнаружили в ее костном мозге. Мирзахани было 40 лет.

Обнаружен первый предок человека и всех животных на Земле

Sohail Wasif/UCR

В Австралии междисциплинарная команда ученых во главе с геологами из Калифорнийского университета в Риверсайде обнаружила самого раннего представителя эволюционного древа, от которого произошел человек и большинство животных.

Исследование опубликовано в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences, а коротко о нем рассказывает Phys.org. Открытие было сделано в Австралии. Еще 15 лет назад в отложениях эдиакарского периода возрастом 555 миллионов лет в Нильпене, на юге страны, были обнаружены окаменелые норы.

С тех пор ученые спорили, какое существо их оставило. Главенствующей является теория о том, что норы проделали представители двусторонне-симметричных — примитивные крошечные существа, которые считаются предком подавляющего большинства животных, а также людей.

Найти их не удавалось. Но эволюционные биологи, изучающие генетику современных животных, предсказывали, что самый ранний предок был простым и маленьким, с рудиментарными органами чувств. Идентифицировать и описать такое существо удалось при помощи трехмерного лазерного сканирования.

Ученые заметили мельчайшие овальные отпечатки рядом с некоторыми из окаменелых нор. При помощи лазера они воссоздали виртуальное изображение существа, оставившего эти отпечатки. Его длина составляла от двух до семи миллиметров, то есть оно было размером с рисовое зернышко.

Форма тела была цилиндрической с ярко выраженной головой и хвостом и слабо развитой мускулатурой. Это крошечное червеобразное существо получило название Ikaria wariootia. На сегодняшний день это самый древний известный науке организм с развитой двусторонней симметрией, которая характерна для большей части живых существ, начиная от насекомых и заканчивая людьми.

Самые ранние многоклеточные организмы из эдиакарской биоты, такие как губки и водоросли, не обладали такой особенностью. Они были сложными многоклеточными организмами, но большинство из них не имеют прямого отношения к современным животным.

По мнению ученых, развитие двусторонней симметрии было критическим шагом в эволюции. Это дало организмам возможность целенаправленно передвигаться, а также наделило их способностью приспосабливаться к окружающим условиям и наиболее эффективно видоизменять свое тело.

Несмотря на свою относительно простую форму, Ikaria wariootia была сложным организмом по сравнению с другими ископаемыми того периода. Судя по всему, эти существа питались органикой, следовательно, у них, вероятно, были рот и кишечник.

В поисках пищи они зарывались на небольшую глубину в песок на дне океана. Глубина и кривизна нор позволили четко различить у этого существа переднюю и заднюю части. Двигалось оно в одном направлении, сокращая мышцы по всему телу, как современные черви.

«Это именно то, что предсказали эволюционные биологи, — говорит соавтор исследования Мэри Дрозер, профессор геологии. — Это действительно захватывающе — то, что мы нашли существо, очень точно соответствующее их прогнозу».

НаукаПриродаМузеи и памятники

Ископаемое показывает, как выглядел последний общий предок человека и обезьян

Alesi, череп нового вымершего вида обезьян Nyanzapithecus alesi (KNM-NP 59050). Предоставлено: Fred Spoor

Самый полный из когда-либо найденных черепов вымершей обезьяны показывает, как мог выглядеть последний общий предок всех ныне живущих обезьян и людей, согласно новому исследованию.

Череп младенца возрастом 13 миллионов лет, которого первооткрыватели назвали «Алези», был обнаружен в Кении в 2014 году. Скорее всего, он принадлежал питающемуся фруктами медленно лазающему примату, который напоминал детеныша гиббона, говорят исследователи. .

Среди ныне живущих приматов люди наиболее тесно связаны с человекообразными обезьянами, включая низших (гиббонов) и человекообразных (шимпанзе, горилл и орангутанов). Эти так называемые гоминоиды — то есть гиббоны, человекообразные обезьяны и люди — появились и диверсифицировались в эпоху миоцена, примерно от 23 до 5 миллионов лет назад. (Последний общий предок людей и шимпанзе жил примерно 6-7 миллионов лет назад.)

Многое остается неизвестным об общих предках современных обезьян и людей с того критического времени, когда эти ветви разошлись. Ископаемые свидетельства этой части генеалогического древа приматов скудны и состоят в основном из отдельных зубов и фрагментов сломанных челюстей. Таким образом, исследователи не были уверены, как могли выглядеть последние общие предки ныне живущих человекообразных обезьян и людей, и даже возникли ли они в Африке или Евразии. [См. фотографии Алези и места раскопок в Кении]

«Живые человекообразные обезьяны обитают по всей Африке и Азии — шимпанзе и гориллы в Африке, орангутаны и гиббоны в Азии — и есть много ископаемых обезьян, найденных на обоих континентах, а также в Европе», — соавтор исследования Кристофер Гилберт, рассказал Live Science палеоантрополог из Хантер-колледжа в Нью-Йорке. «Итак, как вы можете себе представить, существует множество вариантов того, как возникло это распределение, и разные исследователи предлагали разные гипотезы о том, где можно найти общего предка современных обезьян и людей».

Отличное время

Кенийский охотник за окаменелостями Джон Экуси обнаружил череп в 2014 году в районе Напудет, к западу от озера Туркана на севере Кении. Он предложил ему прозвище «Алеси», потому что «алес» означает «предок» на местном языке туркана.

«Местность Напудет предлагает нам редкий взгляд на африканский ландшафт 13 миллионов лет назад», — говорится в заявлении соавтора исследования Крейга Фейбела, заведующего кафедрой антропологии Университета Рутгерса в Нью-Джерси. «Близлежащий вулкан похоронил лес, в котором жил детеныш обезьяны, сохранив окаменелости и бесчисленные деревья. Это также предоставило нам важные вулканические минералы, по которым мы смогли датировать окаменелость».

Это первый череп обезьяны, обнаруженный между 10 и 14 миллионами лет назад, и самый полный череп, обнаруженный между 7 и 17 миллионами лет назад. [В фотографиях: открытие приматов, изменившее правила игры]

«Алези появился в нужное время и в нужном месте, чтобы показать нам, как могли выглядеть предки всех современных обезьян и людей», — соавтор исследования Эллен Миллер, Об этом сообщил приматолог и палеоантрополог из Университета Уэйк-Форест в Уинстон-Салеме, Северная Каролина. «У нас никогда не было информации об этом раньше — это всегда было загадкой».

Остается неясным, как умерла Алези. Однако, возможно, младенец был убит толстыми слоями пепла от огромных вулканических извержений, которые покрыли окаменелость, считают исследователи.

Детеныш примата был похож на гиббона

В черепе размером с лимон все еще были корни молочных зубов, а ни один из взрослых зубов еще не прорезался из челюсти. Трехмерные рентгеновские снимки этих взрослых зубов были настолько подробными, что исследователи смогли сосчитать слои их эмали, которые со временем откладывались, как кольца внутри дерева, что помогло ученым оценить, что детенышу примата было 16 месяцев, когда он родился. умер.

«По зубам мы можем сказать, что он в основном ел фрукты», — сказал Миллер.

Форма непрорезавшихся взрослых зубов показала, что Алези принадлежал к роду или группе видов, известной как Nyanzapithecus , сестринской группе гуманоидов, обнаруженной около 30 лет назад. Однако зубы Алези были намного крупнее, чем у других представителей этого рода, поэтому ученые заявили, что Алези принадлежал к новому виду, Nyanzipithecus alesi . («Ньянза» — провинция на западе Кении, где был обнаружен первый экземпляр Nyanzapithecus , а «pithecus» происходит от греческого слова «обезьяна»). Об этом говорится в заявлении Ненго из Университета Стоуни-Брук в Нью-Йорке. «Открытие Алези показывает, что эта группа была близка к происхождению современных обезьян и людей, и что это происхождение было африканским».

Определение того, что последние общие предки ныне живущих человекообразных обезьян и людей произошли в Африке, важно, потому что это помогает ученым лучше понять, как древний климат, экология, география и другие факторы сыграли ключевую роль в их эволюции. «Это помогает нам понять и реконструировать, как и почему могла развиться определенная линия», — сказал Гилберт.

Исследователи не могут сказать, был ли Алези мужчиной или женщиной, так как младенец был слишком молод для того, чтобы появились черты черепа, которые отличают пол, говорят исследователи. Однако размер черепа и зубов предполагает, что, если бы Алези достиг совершеннолетия, он бы весил около 24,9 фунтов. (11,3 кг) при созревании. Исследователи также отметили, что мозг Алези объемом 6,16 кубических дюймов (101 кубический сантиметр) был примерно таким же, как у современного лемура того же размера.

Маленькая морда черепа сделала бы Алези похожим на детеныша гиббона. «Поскольку они, вероятно, близки к предку всех современных человекообразных обезьян, образец может помочь нам получить некоторое представление о том, как мог выглядеть общий предок всех живых обезьян и современных людей, и поскольку наш образец больше всего похож на гиббонов. Среди живых обезьян это потенциально может поддержать идею о том, что общий предок живых обезьян и людей был похож на гиббона», — сказал Гилберт.

Однако форма внутреннего уха Алези, в котором находится орган равновесия приматов, предполагает, что Алези не был способен к быстрому акробатическому раскачиванию деревьев, характерному для гиббонов.

«Вероятно, у него была более медленная форма передвижения, больше похожая на шимпанзе», — сказал Миллер.

Ученые подробно описали свои выводы в выпуске журнала Nature от 10 августа.

ОБ АВТОРАХ

Чарльз К. Чой часто публикуется в Scientific American . Его работа также появилась в The New York Times, Science, Nature, Wired, 9.0032 и LiveScience, среди прочих. В свободное время он объездил все семь континентов. Следите за Чарльзом К. Чоем в Твиттере

Физиология и среда обитания последнего универсального общего предка

Fox, GE et al. Филогения прокариот. Наука 209, 457–463 (1980).
Артикул
Google ученый
Арндт, Н. и Нисбет, Э. Процессы на молодой Земле и места обитания ранней жизни. Анну. Преподобный Земля Планета Наук. 40, 521–549 (2012).
Артикул
Google ученый
Woese, C. Универсальный предок. Проц. Натл акад. науч. США 95, 6854–6859 (1998).
Артикул
Google ученый
Кунин Е.В. Сравнительная геномика, минимальные наборы генов и последний универсальный общий предок. Nature Rev. Microbiol. 1, 127–136 (2003).
Артикул
Google ученый
Уильямс, Т. А., Фостер, П. Г., Кокс, С. Дж. и Эмбли, Т. М. Археальное происхождение эукариот поддерживает только два основных домена жизни. Природа 504, 231–236 (2013).
Артикул
Google ученый
Raymann, K., Brochier-Armanet, C. & Gribaldo, S. Двухдоменное древо жизни связано с новым корнем для Archaea. Проц. Натл акад. науч. США 112, 6670–6675 (2015 г.).
Артикул
Google ученый
Узунис, К. А., Кунин, В., Дарзентас, Н. и Голдовски, Л. Минимальная оценка содержания генов последнего универсального общего предка — экзобиология с земной точки зрения. Рез. микробиол. 157, 57–68 (2006).
Артикул
Google ученый
Каннан Л. , Ли Х., Рубинштейн Б. и Мушегян А. Модели приобретения и потери генов для вероятностной реконструкции содержания генов у последнего универсального общего предка жизни. биол. Прямой. 8, 32 (2013).
Артикул
Google ученый
Нельсон-Сати, С. и др. Происхождение основных ветвей архей соответствует получению генов от бактерий. Природа 517, 77–80 (2015).
Артикул
Google ученый
Say, R. F. & Fuchs, G. Фруктоза 1,6-бисфосфатальдолаза/фосфатаза может быть наследственным глюконеогенным ферментом. Природа 464, 1077–1081 (2010).
Артикул
Google ученый
Фукс, Г. Альтернативные пути фиксации углекислого газа: взгляд на раннюю эволюцию жизни? Анну. Преподобный Микробиолог. 65, 631–658 (2011).
Артикул
Google ученый
Баросс, Дж. А. и Хоффман, С. Е. Подводные гидротермальные источники и связанные с ними градиентные среды как места зарождения и эволюции жизни. Происхождение Life Evol. В 15, 327–345 (1985).
Артикул
Google ученый
Рассел, М. Дж. и Холл, А. Дж. Возникновение жизни из пузырьков моносульфида железа на подводном гидротермальном фронте окислительно-восстановительного потенциала и рН. Дж. Геол. соц. Лонд. 154, 377–402 (1997).
Артикул
Google ученый
Buckel, W. & Thauer, R.K. Сохранение энергии за счет восстановления ферредоксина с разветвлением электронов и окисления ферредоксина с перемещением протонов/Na ⁺. Биохим. Биофиз. Acta 1827, 94–113 (2013).
Артикул
Google ученый
Шухманн, К. и Мюллер, В. Автотрофия на термодинамическом пределе жизни: модель сохранения энергии у ацетогенных бактерий. Nature Rev. Microbiol. 12, 809–821 (2014).
Артикул
Google ученый
Ферри, Дж. Г. и Хаус, К. Х. Поэтапная эволюция ранней жизни, обусловленная сохранением энергии. Мол. биол. Эвол. 23, 1286–1292 (2006).
Артикул
Google ученый
Мартин В. и Рассел М. Дж. О происхождении биохимии в щелочных гидротермальных источниках. Фил. Транс. Р. Соц. Лонд. B 362, 1887–1925 (2007 г.).
Артикул
Google ученый
Мулкиджанян А.Ю., Гальперин М.Ю., Макарова К.С., Вольф Ю.И. , Кунин Е.В. Эволюционное первенство натриевой биоэнергетики. Биол. Прямой. 3, 13 (2008).
Артикул
Google ученый
Лейн, Н. и Мартин, В. Ф. Происхождение мембранной биоэнергетики. Сотовый 151, 1406–1416 (2012).
Артикул
Google ученый
Déclais, A.C., Marsault, J., Confalonieri, F., La Tour de, C.B. & Duguet, M. Обратная гираза, два домена тесно взаимодействуют, способствуя положительной суперспирализации. Дж. Биол. хим. 275, 19498–19504 (2000 г.).
Артикул
Google ученый
Ragsdale, SW Ферментные системы на основе никеля. Дж. Биол. хим. 284, 18571–18575 (2009 г.).
Артикул
Google ученый
Broderick, J. B., Duffus, B.R., Duschene, K.S. & Shepard, E.M. Radical S -аденозилметиониновые ферменты. Хим. Ред. 114, 4229–4317 (2014 г.).
Артикул
Google ученый
Экк, Р. В. и Дайхофф, М. О. Эволюция структуры ферредоксина на основе живых реликтов примитивных аминокислотных последовательностей. Наука 152, 363–366 (1966).
Артикул
Google ученый
Холл Д.О., Каммак Р. и Рао К.К. Роль ферредоксинов в происхождении жизни и биологической эволюции. Природа 233, 136–138 (1971).
Артикул
Google ученый
Бёк А., Форчхаммер К., Хайдер Дж. и Барон С. Синтез селенопротеинов: расширение генетического кода. Тренды Биохим. науч. 16, 463–467 (1991).
Артикул
Google ученый
Лю, Ю. К., Бир, Л. Л. и Уитмен, В. Б. Метаногены: окно в древний метаболизм серы. Тенденции микробиол. 20, 251–258 (2012).
Артикул
Google ученый
Evans, P. N. et al. Обмен метана у архей типа Bathyarchaeota, выявленный с помощью геномно-центрической метагеномики. Наука 350, 434–438 (2015).
Артикул
Google ученый
Левер, М. А. Ацетогенез в энергодефицитной глубокой биосфере — парадокс? Фронт. микробиол. 2, 284 (2012).
Артикул
Google ученый
Schönheit, P., Buckel, W. & Martin, WF. О происхождении гетеротрофии. Тенденции микробиол. 24, 12–25 (2016).
Артикул
Google ученый
Шренк, М. О., Бразелтон, В.Дж. и Ланг, С.К. Серпентинизация, углерод и глубокая жизнь. Преподобный Минерал. Геохим. 75, 575–606 (2013).
Артикул
Google ученый
Etiope, G. & Schoell, M. Абиотический газ: нетипичный, но не редкий. Элементы 10, 291–296 (2014).
Артикул
Google ученый
Проскуровски Г. и др. Добыча абиогенных углеводородов на гидротермальном месторождении Лост-Сити. Наука 319, 604–607 (2008).
Артикул
Google ученый
Макдермотт Дж. М., Зеевальд Дж. С., Герман С. Р. и Сильва С. П. Пути абиотического органического синтеза на подводных гидротермальных полях. Проц. Натл акад. науч. США 112, 7668–7672 (2015 г.).
Артикул
Google ученый
Чоу, К. С., Ламичане, Т.Н. и Махто, С.К. Расширение репертуара нуклеотидов рибосомы с помощью посттранскрипционных модификаций. АКС хим. биол. 2, 610–619 (2007).
Артикул
Google ученый
Агрис, П.Ф., Вендейкс, Ф.А.П. и Грэм, В.Д. Расшифровка генома с помощью тРНК: 40 лет модификации. Дж. Мол. биол. 366, 1–13 (2007).
Артикул
Google ученый
Грожан Х., Гупта Р. и Максвелл Э. С. в Археи: новые модели биологии прокариот (изд. Блюм, П.) 171–196 (Caister Academic Press, 2008).
Google ученый
Зеевальд Дж. С., Толотов М. Ю. и МакКоллом Т. Экспериментальное исследование одноуглеродных соединений в гидротермальных условиях. Геохим. Космохим. Acta 70, 446–460 (2006 г.).
Артикул
Google ученый
He, C. , Tian, G., Liu, Z. & Feng, S. Мягкий гидротермальный способ связывания углекислого газа с простыми карбоновыми кислотами. Орг. лат. 12, 649–651 (2010).
Артикул
Google ученый
Хорита Дж. и Берндт М. Абиогенное образование метана и изотопное фракционирование в гидротермальных условиях. Наука 285, 1055–1057 (1999).
Артикул
Google ученый
Amend, JP & Shock, E.L. Энергетика синтеза аминокислот в гидротермальных экосистемах. Наука 281, 1659–1662 (1998).
Артикул
Google ученый
Amend, JP, LaRowe, D.E., McCollom, T.M. & Shock, E.L. Энергетика органического синтеза внутри и вне клетки. Фил. Транс. Р. Соц. Лонд. Б 368, 20120255 (2013).
Артикул
Google ученый
Йокояма С. , Ватанабэ К. и Миядзава Т. Динамические структуры и функции переноса рибонуклеиновых кислот от экстремальных термофилов. Доп. Биофиз. 23, 115–147 (1987).
Артикул
Google ученый
Хелм М. Посттранскрипционная модификация нуклеотидов и альтернативная укладка РНК. Рез. нуклеиновых кислот. 34, 721–733 (2006).
Артикул
Google ученый
Gottschalk, G. & Thauer, R.K. Na ⁺ -транслоцирующий комплекс метилтрансферазы из метаногенных архей. Биохим. Биофиз. Acta 1505, 28–36 (2001).
Артикул
Google ученый
Светличная Т., Светличный В., Мейер О. и Доббек Х. Структурное понимание реакций метилового переноса корриноидного белка железо-сера, участвующего в синтезе ацетил-КоА. Проц. Натл акад. науч. США 103, 14331–14336 (2006 г.).
Артикул
Google ученый
Раймонд Дж. и Сегре Д. Влияние кислорода на биохимические сети и эволюцию сложной жизни. Наука 311, 1764–1767 (2006).
Артикул
Google ученый
Диброва Д.В., Гальперин М.Ю., Мулкиджанян А.Ю. Филогеномная реконструкция метаболизма жирных кислот у архей. Окружающая среда. микробиол. 16, 907–918 (2014).
Артикул
Google ученый
Шок, Э. Л. и Бойд, Э. С. Геомикробиология и микробная геохимия: принципы геобиохимии. Элементы 11, 389–394 (2015).
Артикул
Google ученый
Манси, С. С. и др. Матричный синтез генетического полимера в модельной протоклетке. Природа 454, 122–125 (2008).
Артикул
Google ученый
Патель, Б. Х., Персиваль, К., Ритсон, Д. Дж., Даффи, К. Д. и Сазерленд, Дж. Д. Общее происхождение предшественников РНК, белков и липидов в цианосульфидном протометаболизме. Природа Хим. 7, 301–307 (2015).
Артикул
Google ученый
Прюитт К. Д., Татусова Т., Браун Г. Р. и Маглотт Д. Р. Эталонные последовательности NCBI (RefSeq): текущий статус, новые функции и политика аннотации генома. Рез. нуклеиновых кислот. 40, Д130–Д135 (2011 г.).
Артикул
Google ученый
Энрайт, А. Дж., Ван Донген, С. и Узунис, К. А. Древний алгоритм крупномасштабного обнаружения семейств белков. Рез. нуклеиновых кислот. 30, 1575–1584 (2002).
Артикул
Google ученый
Altschul, S. F. et al. Gapped BLAST и PSI-BLAST: новое поколение программ поиска белковых баз данных. Рез. нуклеиновых кислот. 25, 3389–3402 (1997).
Артикул
Google ученый
Райс, П., Лонгден, И. и Блисби, А. EMBOSS: Европейский пакет открытого программного обеспечения для молекулярной биологии. Тенденции Жене. 16, 276–277 (2000).
Артикул
Google ученый
Katoh, K. & Standley, D.M. Программное обеспечение MAFFT для множественного выравнивания последовательностей, версия 7: улучшения производительности и удобства использования. Мол. биол. Эвол. 30, 772–780 (2013).
Артикул
Google ученый
Ландан, Г. и Граур, Д. Орел или решка: простая проверка надежности для множественного выравнивания последовательностей. Мол. биол. Эвол. 24, 1380–1383 (2007).
Артикул
Google ученый
Ландан Г. и Граур Д. Меры локальной надежности на основе наборов кооптимальных множественных выравниваний последовательностей. пак. Симп. Биокомпьютер. 13, 15–24 (2008).
Google ученый
Стаматакис, А. RAxML, версия 8: инструмент для филогенетического анализа и постанализа больших филогений. Биоинформатика 30, 1312–1313 (2014).
Артикул
Google ученый
Джуниер Т. и Здобнов Э. М. Утилиты Newick: высокопроизводительная обработка филогенетического дерева в оболочке UNIX. Биоинформатика 26, 1669–1670 (2010).
Артикул
Google ученый
Татусов Р.Л., Гальперин М.Ю., Натале Д.А., Кунин Е.В. База данных COG: инструмент для геномного анализа функций и эволюции белков. Рез. нуклеиновых кислот. 28, 33–36 (2000).
Артикул
Google ученый
Огата Х. и др. KEGG: Киотская энциклопедия генов и геномов. Рез. нуклеиновых кислот. 27, 29–34 (1999).
Артикул
Google ученый
Финн, Р. Д. и др. База данных семейств белков Pfam: к более устойчивому будущему. Рез. нуклеиновых кислот. 44, Д279–Д285 (2016).
Артикул
Google ученый
Махницка, М. А. и др. MODOMICS: база данных путей модификации РНК — обновление 2013 г.