Днк расшифровка аббревиатуры: ДНК — что это такое? Расшифровка, определение, перевод

Содержание

тестирование — что это такое, как работает метод ПЦР, показания, подготовка к проведению ПЦР-теста, как проводится ПЦР-анализ, результаты теста

Опубликовано: 10.02.2021 13:07:00    Обновлено: 18.02.2021   Просмотров: 254431



ПЦР – высокоточный метод диагностики и одно из самых главных открытий в области биологии за последние десятилетия. ПЦР-анализ применяется уже почти 40 лет и считается наиболее точным и чувствительным способом диагностики инфекционных заболеваний.

ПЦР – уникальный и универсальный метод, тест используется не только в клинической лабораторной диагностике, но также в биологии, криминалистике, археологии и многих других научных областях. Все, что нужно для проведения анализа – небольшое количество любого биоматериала пациента.

Суть метода ПЦР


ПЦР – полимеразная цепная реакция. Метод основан на обнаружении даже небольших концентраций искомого элемента диагностики. Для определения изначально крайне малых концентраций РНК или ДНК, которые необходимо определить в процессе проведения основного этапа исследования, используется метод искусственного увеличения количества РНК или ДНК. А поскольку они специфичны и строго индивидуальны для каждого микроорганизма или живого существа за счет уникальности последовательности нуклеотидов во фрагментах, ошибка в определении целевого ДНК или РНК исключена.

Генетическая информация любого живого организма записывается в ДНК. Эта молекула состоит из двух цепочек, сплетающихся в единую спираль. Некоторые вирусы (например, COVID-19) хранят свой код в РНК – одной нити нуклеотидов.

Для каждого организма, включая вирусы, бактерии и грибки, последовательность нуклеотидов уникальна. Ее можно сравнить с отпечатком пальца или сканом сетчатки глаза человека. Укороченные последовательности нуклеотидов, характерные для каждого вида патогена (возбудителя опасных заболеваний), хранятся в базах научных лабораторий в виде праймеров – отдельных участков ДНК, типичных для только конкретного возбудителя. Эти участки значительно короче любой молекулы ДНК. Такие праймеры присоединяются к ДНК возбудителя в пробе и под действием катализаторов многократно воспроизводят свои дубли. Этот процесс называются «репликация» – многократное увеличение, дублирование искомого участка до тех пор, пока он не станет доступен для определения. Процесс репликации возможен только при наличии в пробе ДНК возбудителя.

Преимущества метода ПЦР

  1. Высокая специфичность. Метод ПЦР определяет заданную последовательность нуклеотидов, присущую конкретному патогену. Таким образом, специфичность теста стремится к 100%. Исключен риск ложноположительных результатов.

  2. Чувствительность. Для ПЦР достаточно всего несколько молекул ДНК патогена (или даже уже неактивных – разрушенных вирусных частиц, сохранивших специфические участки ДНК в достаточном количестве), чтобы он был обнаружен в ходе исследования.

  3. Скорость проведения. Лаборатория получает результат ПЦР-теста через несколько часов, клиент – уже на следующий день. Скорость диагностики имеет принципиально важное значение для своевременного лечения. Например, при диагностике бактериальных инфекций классический посев занимает от нескольких дней, а с ПЦР-анализом пациент сможет принять меры и начать лечение уже через сутки.

  4. Универсальность. Для исследования подходит любой биоматериал: кровь, моча, сперма, мокрота, гной, жидкости из абсцессов и пр. Кроме этого, ПЦР применяется в самых разных областях науки и медицины, работая даже там, где другие методы бессильны.

  5. Диагностика латентных инфекций. ПЦР-диагностика определяет возбудителя инфекции даже в инкубационном периоде и при скрытом течении заболевания.

Какие есть недостатки


Единственный серьезный недостаток, связанный с методом полимеразной цепной реакции, — его высокая технологичность. Исследования ПЦР требуют строжайших соблюдений правил и серьезной оснащенности лабораторного комплекса. Не каждая лаборатория может позволить себе все необходимое оборудование.

Показания к проведению ПЦР-анализа


ПЦР – один из наиболее востребованных способов диагностики в медицине, и применяется он в самых разных областях:

  • Диагностика инфекционных заболеваний (гепатит, ВИЧ, TORCH-инфекции и огромное множество других видов патогенов).

  • Урогинекология (диагностика инфекций, передающихся половым путем: хламидиоз, уреаплазма, микоплазма, кандиды, гарднерелла, герпесвирусы). Важное значение для женского и мужского здоровья играет ВПЧ – вирус папилломы человека. Доказано, что у женщин онкогенные штаммы этого вируса способны вызывать рак шейки матки.

  • Неонатология. Существует целый ряд инфекций, способных поражать плод еще в материнской утробе. Среди них вирусы герпеса, токсоплазмы, краснухи. ПЦР-диагностика позволяет правильно определить тактику ведения и риски внутриутробной инфекции.

  • Респираторные заболевания. Диагностика методом ПЦР стала в 2020 году актуальной как никогда и продемонстрировала свою незаменимость и эффективность. ПЦР-анализ – главный тест и «золотой стандарт» диагностики коронавирусной инфекции Sars-Cov-2 (COVID-19), ставшей причиной самой масштабной пандемии последних десятилетий.

  • Генетика. Наследственные заболевания и отцовство также диагностируются при помощи метода ПЦР.


ПЦР-тесты применяются везде, где нужен быстрый, точный и надежный результат.

Подготовка к проведению ПЦР-теста


Еще одно немаловажное преимущество ПЦР-анализов – это отсутствие специфической подготовки к проведению тестов. Достаточно следовать стандартным рекомендациям специалиста:

  • Анализ сдается утром натощак. При этом ряд генетических исследований проводится в произвольное время, удобное пациенту.


  • При сдаче анализа по мазку из ротоглотки необходимо выдержать интервал с приемом пищи и воды в 3-4 часа перед тестом.


  • Перед анализом на венерические инфекции необходимо воздержаться от половой активности в течение суток.


  • Перед анализом нельзя использовать никакие противовирусные препараты.


Подробную инструкцию по правилам подготовки к каждому анализу вы всегда можете получить у лечащего врача или у консультантов на нашей горячей линии.

Как проводится ПЦР-анализ


С 1983 года, когда был изобретен данный метод, прошло много времени, и технологии не стоят на месте. Сегодня существует несколько различных методик для проведения ПЦР-теста:

  1. С обратной транскрипцией. Самый распространенный способ идентификации известной последовательности РНК, включающий амплификацию, определение патогена и его идентификации среди образцов, хранящихся в научной картотеке.

  2. Вложенная ПЦР (или «гнездовая») — используется для снижения количества неспецифичных продуктов реакции и имеет две стадии с использованием двух видов праймеров.

  3. Изотермические методы – не требуют повторяющихся температурных циклов, менее энергозатратны.

  4. Инвертированная ПЦР — применяется, если имеется только короткий фрагмент известной последовательности, но необходимо определить соседние последовательности после вставки ДНК в геном.

  5. ПЦР в реальном времени — метод, позволяющий определить не только присутствие целевой нуклеотидной последовательности в образце, но и измерять количество ее копий после каждого цикла амплификации, что дает возможность для проведения тестов с количественным результатом


Это далеко не все существующие на сегодняшний день разновидности ПЦР-технологий. Ученые активно развивают эту важную и перспективную область лабораторной диагностики, совершенствуют методы ПЦР, оттачивают техники и изобретают новые подходы.

Результаты ПЦР-теста


Результаты анализов, проведенных методом ПЦР, известны уже через один день. Иногда возможно проведение экстренного теста – его часто используют при оказании срочной медицинской помощи при госпитализации. Тогда срок готовности результата сокращается до считанных часов.

Результаты ПЦР-теста дадут точную информацию о том, какая инфекция была обнаружена. При количественном тестировании анализ определит также вирусную или бактериальную нагрузку на организм. В этом случае в результатах будет значиться титр обнаруженного патогена (его количество в одном миллилитре пробы). Количественный анализ особенно важен при диагностике заболеваний, спровоцированных условно-патогенными микроорганизмами, которые присутствуют в норме практически у каждого человека. Такие микроорганизмы представляют угрозу только при большой численности, а в остальных случаях мирно сосуществуют с носителем.

«ДНК» — Tolkovnik.ru — растолкуем любое сокращение!

Расшифровка аббревиатуры:

«ДНК»

двухзондовый нейтронный каротаж

дистилированные нефтяные кислоты

Движение народной консолидации

духовно-нравственная культура

Дудинка

дробь никелевая карбонильная

дивизия надводных кораблей

дезоксирибонуклеиновая кислота

Детский национальный канал

Дом новой культуры

Транслитерация: DNK

Do Not Know

перевод: Не Знаю

Did Not Keep

перевод: Не Держать

Digital Nomad Kit

перевод: Цифровой Кочевник Комплект

Dnepropetrovsk, Ukraine

перевод: Днепропетровск, Украина

Dynetek Industries, LTD.

перевод: Dynetek Индастриз, ЛТД.

Destructively Nefarious Kid

перевод: Деструктивно Гнусных Ребенок

Случайное сокращение: «ТНФ»

Расшифровка аббревиатуры: «ТНФ» тринатрийфосфат Татарский национальный фронт туморнекротический фактор тринитрофенил Транснефть Финанс тринитрофенол Транскр …

Случайное сокращение: «ЦИО»

Расшифровка аббревиатуры: «ЦИО» центр информатизации образования Центральный научно-исследовательский институт организации производства и управления промышле …

Случайное сокращение: «НИИГИ»

Расшифровка аббревиатуры: «НИИГИ» Научно-исследовательский и проектно-конструкторский институт геофизических исследований Транскрипция сокращения:
…

Случайное сокращение: «ЖСУ»

Расшифровка аббревиатуры: «ЖСУ» жидкость среднего уха Транскрипция сокращения:

Geographically Separated Unit
перевод: Географически Аппарат Отделился
General Support Unit
перевод: …

Случайное сокращение: «ДЛБ»

Расшифровка аббревиатуры: «ДЛБ» долговременная лунная база «долбоеб» Транскрипция сокращения:
. ..

Случайное сокращение: «ФАКИ»

Расшифровка аббревиатуры: «ФАКИ» факультет аэрофизики и космических исследований МФТИ Транскрипция сокращения:
…

Случайное сокращение: «Госкомимущество»

Расшифровка аббревиатуры: «Госкомимущество» Государственный комитет Республики Узбекистан по управлению государственным имуществом Государственный комитет Ро …

Случайное сокращение: «ОТЭИ»

Расшифровка аббревиатуры: «ОТЭИ» отдел технико-экономических исследований Транскрипция сокращения:
…

Случайное сокращение: «КГЛЖ»

Расшифровка аббревиатуры: «КГЛЖ» концентрическая гипертрофия левого желудочка Транскрипция сокращения:
…

Случайное сокращение: «ЛММОИ»

Расшифровка аббревиатуры: «ЛММОИ» лаборатория математических методов обработки информации Транскрипция сокращения:
…



Предыдущая


Следующая


Коды, используемые в описании последовательности

DDBJ Аннотированные/собранные последовательности

Нуклеотид

Базовые коды нуклеотидов

Коды оснований нуклеотидов, которые используются с Международным
База данных нуклеотидных последовательностей выглядит следующим образом.
Данные последовательности выражаются только строчными буквами. Заглавная буква будет
быть автоматически преобразованы в строчные буквы.

Символ Значение Пояснение
и и аденин
с в цитозин
г г гуанин
т т тимин в ДНК; урацил в РНК
м а или с амино
р а или г пурин
ш а или т  
с к или г  
у с или т пиримидин
к г или т кето
против а или в или г не т
ч а или с или т не г
д а или г или т не c
б к или г или т а не
нет а или в или г или т любой

[Ссылки]

  • Cornish-Bowden, A. Nucl Acid Res 13, 3021-3030 (1985)
  • Определение таблицы характеристик: 7.4.1
    Коды оснований нуклеотидов (IUPAC)

Модифицированные базовые сокращения

Пример описания модифицированной базы в строке FEATURES.

Пример

      ОСОБЕННОСТИ Место/Квалификаторы
           модифицированная_база 15
                           /mod_base="m2g"
Сокращение Модифицированное базовое описание
ак4с 4-ацетилцитидин
чм5у 5-(карбоксигидроксиметил)уридин
см 2’-О-метилцитидин
смнм5с2у 5-карбоксиметиламинометил-2-тиуридин
смнм5у 5-карбоксиметиламинометилуридин
зху дигидроуридин
фм 2’-O-метилпсевдоуридин
галлон по 9 шт. 0025

 бета, D-галактозилкевозин
г 2’-О-метилгуанозин
и инозин
и6а N6-изопентениладенозина
м1а 1-метиладенозин
м1ф 1-метилпсевдоуридин
м1г 1-метилгуанозин
м1и 1-метилинозин
м22г 2,2-диметилгуанозин
м2а 2-метиладенозин
м2г 2-метилгуанозин
м3с 3-метилцитидин
м4с N4-метилцитозин
м5с 5-метилцитидин
м6а N6-метиладенозин
м7г 7-метилгуанозин
мам5у 5-метиламинометилуридин
мам5с2у 5-метоксиаминометил-2-тиуридин
человек q бета, D-маннозилкевозин
мкм5с2у 5-метоксикарбонилметил-2-тиуридин
mcm5u 5-метоксикарбонилметилуридин
мо5у 5-метоксиуридин
мс2и6а 2-метилтио-N6-изопентениладенозин
мс2т6а N-((9-бета-D-рибофуранозил-2-метилтиопурин-6-ил)карбамоил)треонин
мт6а N-((9-бета-D-рибофуранозилпурин-6-ил)N-метилкарбамоил)треонин
мв метиловый эфир уридин-5-оксиуксусной кислоты
о5у уридин-5-оксиуксусная кислота (v)
osyw вибутоксозин
р псевдоуридин
к кеуозин
с2к 2-тиоцитидин
с2т 5-метил-2-тиуридин
с2у 2-тиуридин
с4у 4-тиуридин
м5у 5-метилуридин
т6а N-((9-бета-D-рибофуранозилпурин-6-ил)карбамоил)треонин
тм 2’-О-метил-5-метилуридин
мм 2’-O-метилуридин
гв вибутозин
х 3-(3-амино-3-карбоксипропил)уридин, (acp3)u
ДРУГОЕ Другое (/примечание квалификатор に修飾塩基を記載します)

[Ссылки]

  • Sprinzl, M. and Gauss, D.H. Nucl Acid Res 10, r1 (1982) (обратите внимание, что
    в Cornish_Bowden, A. Nucl Acid Res 13, 3021-3030 (1985)
    IUPAC-IUB отказался рекомендовать набор сокращений для модифицированных
    нуклеотиды)
  • Определение таблицы характеристик: 7.4.2 Изменено
    базовые сокращения

Аминокислота

Коды аминокислот

Код аминокислоты, который используется с Международным кодом нуклеотидов.
База данных последовательностей выглядит следующим образом.
Эти аминокислоты обозначаются однобуквенной аббревиатурой в
/translation квалификатор CDS
особенность.
Перечисленные аббревиатуры аминокислот являются допустимыми значениями для квалификаторов
/transl_кроме и
/антикодон.
Те, которые не включены в «Коды аминокислот», см.
Модифицированные и необычные аминокислоты.

Сокращение 1-буквенное сокращение Название аминокислоты
Аля А Аланин
Аргумент Р Аргинин
Асн Н Аспарагин
Асп Д Кислота аспарагиновая
Цис С Цистеин
Глн В Глютамин
Клей Е Глутаминовая кислота
Гли Г Глицин
Его Х Гистидин
Иль я Изолейцин
Лей л Лейцин
Лис К Лизин
Мет М Метионин
Фе Ф Фенилаланин
Про Р Пролайн
Пыл О Пирролизин
Сер. С Серин
сек У Селеноцистеин
Через Т Треонин
Трп Вт Триптофан
Тыр Д Тирозин
Вал В Валин
Асх Б Аспарагиновая кислота или аспарагин
Глюкс З Глутаминовая кислота или глутамин
Хаа х Любая аминокислота
Хле Дж Лейцин или изолейцин
ТЕРМИН   терминирующий кодон

[Ссылки]

  • Совместная комиссия IUPAC-IUB по биохимической номенклатуре. Номенклатура
    и символизм аминокислот и пептидов. Евро. Дж. Биохим. 138:
    9-37 (1984).
  • Определение таблицы функций: 7.4.3 Amino
    кислотные сокращения

Модифицированные и необычные аминокислоты

Для других аминокислот, не входящих в состав Amino Acid
Коды, используются приведенные ниже аббревиатуры. Все эти амино
кислоты обозначаются однобуквенной аббревиатурой «Х» в
/translation квалификатор CDS
особенность.

Сокращение Название аминокислоты
Аад 2-аминоадипиновая кислота
БАД 3-аминоадипиновая кислота
бала бета-аланин, бета-аминопропионовая кислота
Абу 2-аминомасляная кислота
4Абу 4-Аминомасляная кислота, пиперидиновая кислота
Акп 6-аминокапроновая кислота
Ахэ 2-аминогептановая кислота
Аиб 2-аминоизомасляная кислота
бАиб 3-аминоизомасляная кислота
Полчаса 2-аминопимелиновая кислота
Дбу 2,4-диаминомасляная кислота
Des Десмозин
ДПМ 2,2’-Диаминопимелиновая кислота
Дпр 2,3-Диаминопропионовая кислота
ЭтГли N-этилглицин
ЭтАсн N-этиласпарагин
Хил Гидроксилизин
ахил алло-гидроксилизин
3Hyp 3-гидроксипролин
4Hyp 4-гидроксипролин
Иде Изодесмозин
или алло-изолейцин
МеГли N-метилглицин, саркозин
Меле N-метилизолейцин
Мелис 6-N-метиллизин
МеВал N-метилвалин
Нва Норвалин
Нле Норлейцин
Орн Орнитин
ДРУГОЕ Другое ( (Аминокислота, не указанная в этом списке, должна быть описана в квалификаторе / примечание)

[Ссылки]

  • Определение таблицы характеристик: 7. 4.4 Модифицированные и необычные аминокислоты

Связанные страницы

Секретный кодон: биологическая научная деятельность

ДНК называют генетическим кодом жизни, потому что она содержит информацию о том, какие аминокислоты соединяются вместе для создания различных белков. Вы можете использовать однобуквенные сокращения для аминокислот, чтобы сделать секретное сообщение, которое придаст новый смысл описанию ДНК как бусинок на нитке.

Учебное пособие по COVID-19: Все живые существа используют один и тот же генетический код, но некоторые вирусы, включая коронавирусы, используют для хранения своего кода РНК вместо ДНК. Расшифровка РНК работает так же, как расшифровка ДНК, с заменой урацила (U) на тимин (T). Клетка-хозяин переводит вирусную РНК в аминокислоты, из которых состоят вирусные белки. Обнаружение этой вирусной РНК — это то, как врачи проверяют, инфицирован ли пациент этим конкретным коронавирусом.

Subject: 

Biology

Molecular & Cellular Biology

Keywords: 

DNA

protein

friend

covid-19

NGSS and EP&Cs: 

LS

LS3

CCCs

Patterns

Структура и функции

Инструменты и материалы

  • Бусины пони четырех разных цветов
  • Хлопковая нить
  • Таблица кодонов аминокислот

Сборка

Назначьте цвет каждой бусинки пони одному из четырех оснований ДНК – аденину (А), тимину (Т), цитозину (С) и гуанину (G). Строка, изображенная выше, использует этот цветовой ключ:

А: красный
Т: желтый
С: синий
Г: зеленый

Действия и уведомления

Подумайте о слове или короткой фразе, которую вы хотите закодировать в своей цепи ДНК. Убедитесь, что его можно написать или произнести без использования букв 9.0990 B , J , O , U , X или Z . Эти буквы не являются аббревиатурой какой-либо аминокислоты. Определите, каким аминокислотам соответствуют буквы в вашей фразе, найдя однобуквенные сокращения аминокислот в таблице кодонов аминокислот. Затем используйте таблицу, чтобы записать последовательность ДНК, которая кодирует эти аминокислоты. Все белки начинаются с аминокислотного остатка метионина, который кодируется последовательностью ДНК ATG. Они заканчиваются, когда ДНК кодирует один из трех стоп-кодонов. Добавьте ATG в начало последовательности и выберите один из трех стоп-кодонов в конце последовательности. Сделайте свою цепочку ДНК, нанизав бусины так, чтобы цвета соответствовали порядку последовательности ДНК, которую вы записали. Не забудьте включить в свою последовательность правильные стартовые и стоп-кодоны. Обменяйтесь нитями с другом и посмотрите, сможете ли вы расшифровать секретное сообщение друг друга!

Что происходит?

Белки представляют собой длинные цепочки отдельных аминокислотных субъединиц. Порядок аминокислот в цепи определяется последовательностью ДНК гена, который ее кодирует. Это обычно называют генетическим кодом .

ДНК представляет собой цепь из четырех различных нуклеотидов (аденина, тимина, цитозина и гуанина), часто обозначаемых аббревиатурой A, T, C и G. Эти четыре нуклеотида (иногда называемые основаниями) дают инструкции для 20 различных аминокислот, которые составляют белки. Каждая аминокислота кодируется последовательностью из трех оснований ДНК, называемой 9.0990 кодон . Поскольку для обозначения аминокислоты требуется три основания ДНК, существует достаточно комбинаций четырех различных оснований, чтобы представить все аминокислоты, а также три стоп-кодона, которые указывают, когда заканчивается белок. Каждое основание может находиться в любом положении, что дает 4 3 или 64 возможных комбинации, поэтому между 20 аминокислотами существует некоторая избыточность. Это просто означает, что данная аминокислота может быть закодирована более чем одной последовательностью кодонов ДНК.

Для простоты отдельные аминокислоты часто обозначают одно- или трехбуквенными сокращениями. Например, аминокислота аргинин может обозначаться аббревиатурой Arg или R. Однобуквенные аббревиатуры аминокислот позволяют весело писать секретные сообщения с использованием генетического кода. Поскольку существует всего 20 различных аминокислот, есть 6 букв алфавита, которые не обозначают конкретную аминокислоту. Однако с этими 20 буквами вы можете использовать генетический код для определения последовательности ДНК, которая соответствует вашему сигналу аминокислоты.

Сообщение может быть написано четырьмя разными цветами, которые представляют четыре разных основания, из которых состоит ДНК. Цепочка на картинке вверху страницы имеет такую ​​последовательность:

RYGGBBRGRRBGGBYRRBGRYYBYYGYRYYGRGRRYYGYGRGYRR

Последовательность начинается с RYG. Используя цветной ключ в разделе «Сборка», это соответствует основаниям ATG, которые являются стартовым кодоном метионина, с которого начинается каждая последовательность белка. Можете ли вы расшифровать остальную часть сообщения?

Дальше

В 2008 году исследователи из Института Дж. Крейга Вентера объявили, что с нуля сконструировали весь геном небольшой бактерии, тем самым создав первый пример синтетической жизни. Чтобы отличить искусственный геном от природного, ученые вставили в последовательность ДНК «водяные знаки». Эти последовательности были расшифрованы до их однобуквенных аббревиатур аминокислот и выявили пять водяных знаков, увековечивающих память тех, кто работал над проектом: VENTERINSTITVTE, CRAIGVENTER, HAMSMITH, CINDIANDCLYDE, GLASSANDCLYDE.

Эта научная закуска является частью коллекции, посвященной художникам, ученым, изобретателям и мыслителям из Азии, островов Тихого океана и Азиатско-Тихоокеанского региона, чья работа помогает или расширяет наше понимание явлений, изучаемых в закуске.

Доктор Маргарет Лю родилась в 1956 году и выросла в Колорадо со своей матерью, иммигранткой из Китая. Она получила степень доктора медицины в Гарвардском университете и является бывшим президентом Международного общества вакцин. Доктор Лю изучает иммунную систему и работает над разработкой новых технологий для создания вакцин. Хотя многие вакцины изготавливаются из ослабленных вирусов или вирусных белков, доктор Лю показал, что введенные молекулы ДНК, содержащие вирусные гены, могут транслироваться в белок в клетках человека и вызывать иммунный ответ. Это ключевое открытие проложило путь к новому набору вакцин, сделанных из вирусных последовательностей ДНК или РНК, включая разрабатываемые вакцины для защиты от COVID-19.. С помощью Secret Codon Science Snack вы можете поиграть с кодом ДНК, чтобы понять, как такие ученые, как доктор Лю, конструируют ДНК, чтобы вызвать иммунный ответ на вирусные белки.

Похожие закуски

Белки для завтрака

Создавайте белок с помощью добавок из злаков.